إن تفاعل الآلية مع الجهات الفاعلة الدولية والجهات الفاعلة في المجتمع المدني السوري واسع النطاق، ويتراوح بين المشاركات العامة والمشاورات بشأن الاستراتيجيات وسير العمل والتعاون السري وما يلي ذلك من نقل للمعلومات والأدلة.
المجتمع المدني السوري
منذ عام 2011، يقوم أفراد سوريون/ات ومنظمات المجتمع المدني بتوثيق وجمع الأدلة على انتهاكات حقوق الإنسان والقانون الإنساني الدولي على نطاق واسع، وغالبًا ما ينطوي ذلك على مخاطر كبيرة على حياتهم/ن وسلامتهم/ن. إضافةً إلى ذلك فإن هناك جهات فاعلة في المجتمع المدني أدت، رغم أنها غير سورية لكنها تتأثر بشكل مباشر بالجرائم في سوريا، مثل اليزيديين، دورًا حاسمًا في توثيق الجرائم.
وقد أسهمت وثائقها وشبكاتها إسهاما كبيرا في بناء المستودع المركزي للمعلومات والأدلة التابع للآلية، وتواصل الآلية توسيع نطاق هذا العمل.
أعطت الآلية الأولوية للعمل مع الجهات الفاعلة في المجتمع المدني باعتبارها من أصحاب المصلحة الرئيسيين في عمليات المساءلة منذ البداية. وفي إطار الاتصال مع منظمات المجتمع المدني هذه، تهدف الآلية إلى تعزيز فهم ولايتها، ومناقشة خيارات التعاون، وإرساء الثقة، والاستفادة من المنافع المتبادلة للعمل معا، ولا سيما في توفير المعلومات والوثائق ذات الصلة للمساهمة في المستودع المركزي للآلية. وتدخل الآلية في اتفاقات رسمية مع الجهات الفاعلة في المجتمع المدني السوري، مثل پروتوكول التعاون ومذكرات التفاهم، التي تركز على جمع المعلومات، مع الجهات الفاعلة الفردية في المجتمع المدني. كذلك تجري الآلية حوارًا ثنائي الاتجاه مع الجهات الفاعلة في المجتمع المدني السوري من خلال منبر لوزان، ومجموعات التركيز المواضيعية، والعمل المنتظم مع رابطات الضحايا/الناجين، ونشرتها الدورية.
بروتوكول التعاون
في 3 نيسان/أبريل 2018 في لوزان، سويسرا، وقعت رئيسة الآلية و28 منظمة من منظمات المجتمع المدني السورية بروتوكول تعاون. كان الغرض من البروتوكول هو وضع مجموعة من المبادئ الشاملة لتوجيه العمل المشترك بين الآلية ومنظمات المجتمع المدني الموقعة، وذلك لضمان التفاهم المتبادل فيما يتعلق بفرص التعاون، بغية تعزيز الهدف المشترك للأطراف المتمثل في ضمان تحقيق العدالة والمساءلة والإنصاف لضحايا الجرائم المرتكبة في سوريا.
توفر المبادئ الموضوعة في البروتوكول إطارًا عامًا للتعاون لمنظمات المجتمع المدني الأخرى التي تسعى للتعاون مع الآلية في المستقبل؛ وإذا لزم الأمر، يمكن تناول التفاصيل التشغيلية أو إجراءات العمل في مذكرات التفاهم الفردية بين الآلية وكل منظمة.